使用Docker搭建MySQL服务时，考虑到MySQL存储的数据较大，希望存放在空间较大的nas上。于是通过容器目录映射的方式将数据通过smb的方式储存，但是报错 Errcode: 13 - Permission denied。

下面记录下排查过程和解决方案

问题描述

My Yaml

version: "2"
services:
  mysql:
    container_name: mysql
    image: mysql:5.7.23
    privileged: true
    command: --default-authentication-plugin=mysql_native_password --character-set-server=utf8 --collation-server=utf8_general_ci
    volumes:
        - cifs_mount:/var/lib/mysql
    ports:
      - 3306:3306
    environment:
      - MYSQL_USER=root
      - MYSQL_ROOT_PASSWORD=123
      - MYSQL_DATABASE=db

volumes:
    cifs_mount:
        driver: local
        driver_opts:
            type: cifs
            device: //${SMB_HOST}/nas/home/mysql
            o: "username=${SMB_USER},password=${SMB_PWD}"

Errcode: 13 - Permission denied

$ docker-compose up 
mysql_future | Initializing database
mysql_future | mysqld: Can't create/write to file '/var/lib/mysql/is_writable' (Errcode: 13 - Permission denied)
mysql_future | 2024-05-26T16:25:35.482190Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
mysql_future | 2024-05-26T16:25:35.491790Z 0 [ERROR] --initialize specified but the data directory exists and is not writable. Aborting.
mysql_future | 2024-05-26T16:25:35.491839Z 0 [ERROR] Aborting

由于出现了 Errcode: 13 - Permission denied 的报错，于是认为一定是权限给少了，那么如何添加权限，最简单的方式是直接映射一个 root 进容器。

排查过程

Try: 设置进程ID为root

    environment:
      - MYSQL_USER=root
      - MYSQL_ROOT_PASSWORD=123
      - MYSQL_DATABASE=db
+     - UID=0
+     - PID=0

在Docker容器中，通过设置环境变量可以控制容器中进程的运行环境。在这个例子中，设置了环境变量：

1. PUID=0：指定了容器中进程的用户ID（PUID）。在这里设置为0，表示将容器中的进程以root用户的身份运行。这样设置可以让容器内的进程具有root用户的权限，可以执行一些需要特权的操作。
2. PGID=0：指定了容器中进程的组ID（PGID）。同样设置为0，表示将容器中的进程所属的组设置为root组。

结果是报错依旧同上，那么我们就会很疑惑，为什么还会出现权限问题。猜测一是文件夹不允许写操作，猜测二是文件夹的用户和进程的用户不一致。

文件夹的用户和权限是什么

登录nas查看文件夹权限，结果发现文件夹的用户为 ppsteven ，用户组为 user 。文件夹 mysql 是我在mac上使用用户ppsteven 连接smb手动创建的，故该文件夹下会存在 .DS_Store 。用户为我smb的账号ppsteven。

root@ppnas:/srv/mergerfs/nas/nas/home/mysql# ls -al
总用量 12
drwxrwsr-x 3 ppsteven users   76  5月 27 00:25 .
drwxrwsr-x 6 ppsteven users  128  5月 26 02:40 ..
-rw-rw-r-- 1 ppsteven users 4096  5月 26 02:41 ._.DS_Store
-rw-rw-r-- 1 ppsteven users 6148  5月 27 00:25 .DS_Store
drwxrwsr-x 2 ppsteven users   10 10月 16  2018 mysql_data

根据提供的输出，可以看到mysql_data文件夹的权限为drwxrwsr-x，所有者为ppsteven，所属组为users。这里有一个特殊的权限位S，它表示设置了粘滞位（Sticky Bit）。

根据权限表示法：

• d 表示这是一个目录
• rwx 表示所有者（ppsteven）具有读取、写入和执行权限
• rws 表示所属组（users）具有读取、写入和执行权限，并且设置了粘滞位
• r-x 表示其他用户具有读取和执行权限

粘滞位在目录上的作用是，只有目录的所有者、文件的所有者或者root用户才能删除目录中的文件，即使其他用户有写权限。这有助于防止普通用户误删其他用户的文件。因此，根据权限设置，ppsteven用户可以读取、写入和执行mysql_data目录，users组的用户也可以读取、写入和执行该目录，并且设置了粘滞位。

结论：文件夹用户为 ppsteven，用户组为user，权限为读写

操作文件夹的用户是谁？

目前我们可以知道文件夹有读写权限，那么 Errcode: 13 - Permission denied 的问题大概率是由于用户组的不匹配造成的了，下面我们看下 目前 大概有哪些用户。

文件夹权限：

• ppsteven：smb 注册账户
• root：nas root 账户

进程：

• ppsteven：Ubuntu 账户
• root：Ubuntu账户

现在走进了一个死胡同，按一般来说，当进程为root时，拥有全部文件夹的访问权限。而出现上述权限不足的问题时，只有可能出现以下情形：

1. 用户为ppsteven，文件夹权限为root
2. 用户为 X，文件夹权限为 ppsteven 或 root

自然就容易产生的疑惑是，明明已经在 Try中显式指定了用户为root，以上两种问题都不应该发生。

最直接的方式就是启动容器，查看用户

docker run --rm -t mysql:5.7.23 sh -c 'id'
uid=0(root) gid=0(root) groups=0(root)

结论：操作文件夹的用户就是root，而且无需显式指定 UID 和 PID。

这个结论和上面的两个推测是相冲突的，只能说明一点，容器当前用户确实是root，但是执行mysql进程的另有其人。具体是谁，需要进入容器排查。

容器中排查

1. 容器持久运行不退出

version: "2"
services:
  mysql:
    container_name: mysql
    image: mysql:5.7.23
    privileged: true
-   command: --default-authentication-plugin=mysql_native_password --character-set-server=utf8 --collation-server=utf8_general_ci
+   command: tail -f /dev/null

2. 找到容器默认执行的命令

在 dockerhub-mysql:5.7.23 中找到了Dockerfile 的命令

16	ENTRYPOINT ["docker-entrypoint.sh"]
17	EXPOSE 3306/tcp 33060/tcp
18	CMD ["mysqld"]

即 docker-entrypoint.sh mysqld

3. 执行mysqld

果然出现了之前看到的错误

root@ba9456632723:/# docker-entrypoint.sh mysqld
Initializing database
mysqld: Can't create/write to file '/var/lib/mysql/is_writable' (Errcode: 13 - Permission denied)
2024-05-26T17:24:44.679361Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2024-05-26T17:24:44.687552Z 0 [ERROR] --initialize specified but the data directory exists and is not writable. Aborting.
2024-05-26T17:24:44.687578Z 0 [ERROR] Aborting

4. 确认文件夹的用户和权限

刚刚在 nas 上看到的文件夹的用户是 ppsteven，进入容器后再次查看，用户变为了 root。

root@ba9456632723:/# ls -al /var/lib/
total 36
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 .
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 11  2018 ..
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 apt
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 dpkg
drwxr-xr-x 2 root  root  4096 Jun 26  2018 misc
drwxr-xr-x 2 root  root     0 Oct 16  2018 mysql
drwxrwx--- 2 mysql mysql 4096 Oct 16  2018 mysql-files
drwxr-x--- 2 mysql mysql 4096 Oct 16  2018 mysql-keyring
drwxr-xr-x 2 root  root  4096 Oct 11  2018 pam
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 11  2018 systemd

结论：容器卷挂载的用户和文件系统中的并不一样，查询资料：

默认情况下，容器卷的device的默认用户组是root。这是因为在Docker中，容器卷的权限是由Docker引擎所控制的。当容器卷被挂载到容器中时，Docker引擎会将该卷所属的用户和用户组设置为root。这是为了确保容器在访问卷中的文件时具有足够的权限。如果需要更改默认的用户组，可以在容器启动命令中使用--user选项来指定用户和用户组。

5. 确认真实执行的用户

root@ba9456632723:/# whereis docker-entrypoint.sh
docker-entrypoint: /usr/local/bin/docker-entrypoint.sh
root@ba9456632723:/# cat /usr/local/bin/docker-entrypoint.sh

发现脚本对root有特殊处理

# allow the container to be started with `--user`
if [ "$1" = 'mysqld' -a -z "$wantHelp" -a "$(id -u)" = '0' ]; then
	_check_config "$@"
	DATADIR="$(_get_config 'datadir' "$@")"
	mkdir -p "$DATADIR"
	chown -R mysql:mysql "$DATADIR"
	exec gosu mysql "$BASH_SOURCE" "$@"
fi

这部分代码主要是用于允许容器以--user参数启动。如果脚本的第一个参数是mysqld，且$wantHelp为空，并且当前用户的id为0（即root用户），则执行以下操作：

1. 调用_check_config函数检查配置。
2. 获取MySQL的数据目录路径，并创建该目录。
3. 使用chown命令将数据目录的所有权设置为mysql:mysql。
4. 使用gosu命令以mysql用户身份重新执行脚本（$BASH_SOURCE表示当前脚本文件），并传递之前的参数。

这段代码的作用是在容器启动时，如果以root用户身份启动，并且参数是mysqld，则将执行权限切换为mysql用户，并重新执行脚本以启动MySQL服务。这样可以避免以root用户身份运行MySQL服务，提高安全性。

结论：真实执行的用户是 mysql。在 dockerhub-mysql:5.7.23 中存在一个命令 /bin/sh -c groupadd -r mysql && useradd -r -g mysql mysql 创建了mysql 的用户。

6. chown -R mysql:mysql "$DATADIR" 无效

可以看到 bash 脚本中当发现当前用户为root时，会将文件的用户和用户组改为 mysql 并使用 mysql 去执行。但是从最终的效果中发现并没有成功更改，我后续多次执行此命令，发现是无效，但是没有报错。如下

root@ba9456632723:/# id
uid=0(root) gid=0(root) groups=0(root)
root@ba9456632723:/# chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql
root@ba9456632723:/# ls -al /var/lib/
total 36
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 .
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 11  2018 ..
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 apt
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 dpkg
drwxr-xr-x 2 root  root  4096 Jun 26  2018 misc
drwxr-xr-x 2 root  root     0 Oct 16  2018 mysql
drwxrwx--- 2 mysql mysql 4096 Oct 16  2018 mysql-files
drwxr-x--- 2 mysql mysql 4096 Oct 16  2018 mysql-keyring
drwxr-xr-x 2 root  root  4096 Oct 11  2018 pam
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 11  2018 systemd

查阅资料可知：chown 对于挂载的磁盘可能不起作用

chown will have no effect on mounted disks/partitions

通过查阅 mount.cifs 的文档可知，如果要设置挂载的文件系统的用户，需要指定用户名或者用户数字ID，默认用户为0（root）

uid=arg

sets the uid that will own all files or directories on the mounted filesystem when the server does not provide ownership information. It may be specified as either a username or a numeric uid. When not specified, the default is uid 0.

mount -t cifs \
      -o username=****,password="****",uid=www-data \
      //192.168.1.10/Public/Documents/Docs \
      /mnt/docs

参考

• chown has no effect even after it claims it changed owner

• mount.cifs

• How to chown a file on a CIFS mount?

• Can't change ownership of cifs mounted Samba Share

解决方案

我们可以看到本质上是由于数据目录 mysql 归属用户为 root，但是执行为 mysql 报的权限不足的错误。

那么我们可以直接将容器映射时直接指定归属即可。

1. 查看mysql用户id

root@ba9456632723:/# cat /etc/passwd | grep mysql
mysql:x:999:999::/home/mysql:

2. 设置目录id

volumes:
    cifs_mount:
        driver: local
        driver_opts:
            type: cifs
            device: //${SMB_HOST}/nas/home/mysql
-           o: "username=${SMB_USER},password=${SMB_PWD}"
+           o: "username=${SMB_USER},password=${SMB_PWD},uid=999,gid=999"

成功运行

root@fc502a823b1e:/# ls -al /var/lib/
total 36
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 .
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 11  2018 ..
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 apt
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 16  2018 dpkg
drwxr-xr-x 2 root  root  4096 Jun 26  2018 misc
drwxr-xr-x 2 mysql mysql    0 Oct 16  2018 mysql
drwxrwx--- 2 mysql mysql 4096 Oct 16  2018 mysql-files
drwxr-x--- 2 mysql mysql 4096 Oct 16  2018 mysql-keyring
drwxr-xr-x 2 root  root  4096 Oct 11  2018 pam
drwxr-xr-x 1 root  root  4096 Oct 11  2018 systemd
root@fc502a823b1e:/# docker-entrypoint.sh mysqld
Initializing database
2024-05-26T17:51:53.023965Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2024-05-26T17:51:55.708097Z 0 [Warning] InnoDB: New log files created, LSN=45790
2024-05-26T17:51:56.325563Z 0 [Warning] InnoDB: Creating foreign key constraint system tables.
2024-05-26T17:51:56.495066Z 0 [Warning] No existing UUID has been found, so we assume that this is the first time that this server has been started. Generating a new UUID: a4ba4e3a-1b88-11ef-b584-0242ac1e0002.
2024-05-26T17:51:56.555978Z 0 [Warning] Gtid table is not ready to be used. Table 'mysql.gtid_executed' cannot be opened.
2024-05-26T17:51:56.564034Z 1 [Warning] root@localhost is created with an empty password ! Please consider switching off the --initialize-insecure option.

结论

本次排查 MySQL 容器化部署时，遇到将mysql数据挂载至SMB上遇到的权限不足的问题。

通过排查问题发现，容器运行用户为root，文件夹权限为读写，所属用户组为root。但是依旧出现权限不足的问题时，mysql 容器在运行时会针对当前用户为root的情形进行处理，会将文件夹用户和用户组更改为mysql，并使用mysql 用户执行命令。

在此过程中，chown 更改用户组的行为不知什么原因没有成功改动，导致了权限不足的情况。

解决方案是，在挂载时指定目录权限为 mysql后可成功运行。

参考

• dockerhub-mysql:5.7.23

• dockerfile-mysql-5.7

• Docker-compose : mysqld: Can't create/write to file '/var/lib/mysql/is_writable' (Errcode: 13 - Permission denied)

• mysqld: Can't create/write to file '/var/lib/mysql/is_writable' (Errcode: 13 - Permission denied) #219

拓展知识

1. 如果不显式指定 PID=0，UID=0，那么容器中真实运行的用户是谁？

在Dockerfile中未指定用户时，默认情况下容器中的进程会以root用户身份运行。如果指定了USER，则以该用户执行。查看当前用户的方式如下：

1. 首先进入容器内部：

docker exec -it [容器名称] /bin/bash

2. 然后使用以下命令查看当前用户的 UID 和 GID：

id

2.SMB 是什么

Mount an SMB Share in Linux